Phong trào chống Pháp của nhân dân Yên Thế do Đề Nắm lãnh đạo bùng nổ ngày 16-3-1884. Cuối năm 1885, nhận được Dụ Cần Vương của vua Hàm Nghi, các thủ lĩnh Bá Phức, Đề Thám từ căn cứ của Cai Kinh ở Hữu Lũng, trở lại quê hương xây dựng Quân thứ Song Yên tại hai huyện Yên Thế và Yên Dũng thuộc phủ Lạng Giang tỉnh Bắc Ninh. Sau mấy năm cùng sát cánh chiến đấu, tháng 8-1888, lực lượng Đề Nắm thông qua Đại hội Dĩnh Thép đã hợp nhất dưới ngọn cờ chung do Bá Phức làm Chánh tướng Tổng thống Quân vụ, Đề Nắm là Phó tướng Tả dực tướng quân, Đề Thám là Phó tướng Hữu dực tướng quân. Cho tới cuối năm 1892, Quân thứ Song Yên đã đối địch với hàng chục cuộc càn quét, tấn công quy mô, trong đó có nhiều trận lên tới vài ba ngàn quân, có đại bác và pháo thuyền yểm trợ, dưới sự chỉ huy của Thiếu tướng Godin (10-1890 và 12-1890), Đại tá Frey (1-1891), Thiếu tướng Voyron (2-1892) tại Dương Sặt, Cao Thượng, Luộc Hạ, Hố Chuối và Chiến tuyến sông Sỏi, lập nên nhiều chiến công vang xa đến tận nước Pháp.
Sau khi Đề Nắm hy sinh, Bá Phức hưu chiến, Quân thứ Song Yên chấm dứt sứ mệnh Cần Vương, Đề Thám mới chính thức trở thành lãnh tụ tối cao của nhân dân Yên Thế, tiếp tục giương ngọn cờ chống Pháp. Nhưng do đơn độc và chưa tìm được đường lối và phương lược đấu tranh thích hợp nên thủ lĩnh buộc phải chấp nhận giảng hòa. Sau nhiều năm lao tâm khổ tứ, từ năm 1905, Đề Thám bắt đầu quán triệt và kiên trì tư tưởng bạo lực để khôi phục và chỉ đạo cuộc đấu tranh chống ách ngoại xâm diễn ra khắp cả khu vực nông thôn rừng núi và đồng bằng thành thị. Ông đã cử Hoàng Điển Ân – nhà nho và mưu sĩ lão luyện, từng tiếp cận tân thư và sách báo mới từ Trung Quốc, Nhật Bản chuyển đến Phồn Xương, phụ trách việc xây dựng Đảng Nghĩa Hưng tại Hà Nội và các hội phường tại các tỉnh. Sau một thời gian, Hoàng Điển Ân cùng với Đinh Siêu Quần – còn gọi là Đồ Dơm, Hà Triều Nguyệt lập được Phường đánh Pháp của người Mường ở Gia Khánh (Ninh Bình), Thường Xuân (Thanh Hóa); Nguyễn Đình Cố – tức Lãnh Nghiêm lập Trung châu ứng nghĩa đạo ở Văn Giang, Thuận Thành, Từ Sơn (Bắc Ninh), Văn Lâm (Hưng Yên); Mền Vĩ lập Hoành Sơn hội ở Sơn Tây. Ngoài ra, tại Hòa Bình, Hoàng Điển Ân còn có Quách Hợp, Nguyễn Kiêm là đầu mối phát động người Mường vùng sông Đà và Hưng Hóa. Ngoài ra, Đề Thám còn cử Ông Ích Bình – còn gọi là Ấm Bình, con trai Ông Ích Khiêm xây dựng lực lượng ở Lương Sơn, Lương Thủy (Hòa Bình); liên kết với Đỗ Tư, Nguyễn Đạt ở Kim Bảng (Hà Nam); Nguyễn Xuân Sơn ở Từ Sơn (Bắc Ninh).
Bên cạnh việc tăng cường mở rộng phạm vi hoạt động và thu hút thêm lực lượng, mọi mặt trong đời sống tinh thần của nhân dân vùng Yên Thế cũng được Đề Thám chăm lo, săn sóc. Chùa chiền, đình miếu, nhà thờ Thiên Chúa bị hư nát đã được sửa lại nhiều, trong đó có các ngôi đình ở Hả, Lan, Cao Thượng; các ngôi chùa Lèo, Thông, Phồn Xương; các nhà thờ Thiên Chúa ở Chũng, Tân An, Khánh Giàng. Xuân thu nhị kỳ, các gánh tuồng ở Thổ Hà, Đồng Kỵ được đón lên Phồn Xương và nhiều nơi khác để biểu diễn cho nghĩa quân và nhân dân xem. Kể từ năm 1900 trở đi, Phồn Xương trở thành trung tâm của hội hè và đình đám. Trung tuần tháng Giêng, hội mùa xuân được mở ra với các trò làm cỗ, gói bánh, đấu vật, đánh cờ, bắn cung nỏ, bắn súng. Tháng Bảy, mùa thu, Ngài lại cho khai đàn Mông sơn chẩn tế cả tuần để tưởng niệm hương linh các thủ lĩnh và nghĩa quân đã tử trận như Cai Vàng, Đội Văn, Cai Biều, Đại Trận, Đề Nắm. Lễ dâng hương hoa tại chùa được tổ chức long trọng, rồi tiếp đó làm đám rước đi theo nhạc tấu đến suối Gồ, lễ phóng sinh hang trăm con cá, hàng trăm con chim và thả xuôi dòng 100 ngọn nến bập bùng trên bè chuối.
Chăm lo toàn bộ việc khôi phục, xây dựng lại hệ thống đình chùa ở Yên Thế khi đó là Tổ Thích Thanh Quyết.
Tổ Thích Thanh Quyết sinh năm 1844 tại Hà Nam, hiệu Đôn Mẫn, trụ trì tại chùa Hương Tích (Động chủ Hương Sơn đời thứ 8), từng là thủ lĩnh trong cuộc khởi nghĩa chống Pháp do Đề Yêm tổ chức, hoạt động mạnh ở vùng Kim Bảng (Hà Nam), Mỹ Đức (Hà Đông). Sau khi phong trào bị tan rã, Tổ Thích Thanh Quyết đã cùng một số thủ hạ tìm đường lên Yên Thế, được Đề Thám dùng làm tham mưu và giao việc trông coi các chùa nằm trong khu vực căn cứ. Có nhiều tài liệu chứng tỏ rằng, ngay trong thời gian hoà hoãn lần thứ nhất, trong khi Đề Thám cho xây dựng lại hệ thống đồn lũy thì Tổ Thích Thanh Quyết đã đề nghị với thủ lĩnh sửa chữa, xây dựng lại một số chùa như chùa Hả, chùa Phố hoặc yêu cầu chủ tướng, đích thân làm lễ cầu siêu cho tướng sĩ hy sinh trong sự nghiệp đánh đuổi giặc Pháp ở chùa Phồn Xương. Đề Thám đã chấp nhận và giao cho Tổ Thích Thanh Quyết chủ trì và mời nhiều cao Tăng về làm lễ kỳ siêu. Kế đó Đề Thám còn cấp tiền, giao cho Tổ Thích Thanh Quyết xây dựng lại chùa Hả, trùng tu chùa Phố, thường gọi là chùa Nhã Nam, bị đại bác Pháp bắn sập vào năm 1885.
Trong thời gian hoà hoãn lần thứ hai, Đề Thám tiếp tục cấp tiền bạc và giao cho Tổ Thích Thanh Quyết xây dựng, sửa chữa các chùa Phồn Xương, chùa Lèo, chùa Thông nằm trong vùng kiểm soát của nghĩa quân, lại án ngữ trên các con đường chiến lược hoặc các cao điểm nơi giáp ranh với đồn lũy của địch. Ngoài việc xây tường, đắp luỹ, trồng tre bao quanh,Tổ Thích Thanh Quyết còn thường đến thăm các đền, đình thờ các vị anh hùng như đình Cao Thượng thờ Cao Sơn, Quý Minh; đình làng Chuông thờ Nàng Giã đại thần; đền thờ Đại Trận ở Ngọc Lý.
Khoảng mùa hè năm 1907,Tổ Thích Thanh Quyết trở lại Hương Sơn. Theo bi ký được khắc trên tấm bia bốn mặt khổ lớn hiện còn tại chùa Thiên trù do Tú tài Trần Văn Độ phụng soạn vào tháng 10 năm Kỷ Tỵ thời Bảo Đại (11-1929) thì vào năm 1908, dù còn đau yếu nhưng Tổ đã bắt tay vào ngay việc khởi công xây dựng lại chùa, cho tạc tượng và chế tác đồ thờ, san nền gọt đất, lấp hố khai quang để tiện đường kiến thiết. Mọi nhà cửa, điện thờ, trai phòng, khách xá đều được xây bằng gạch ngói thay thế nhà tranh lụp xụp. Nhờ vậy, Thiên Trù ngày một trang nghiêm tú lệ. Thuận theo lẽ vô thường,ngày 19 tháng Bảy năm Nhâm Tý (tức 31.08.1912).Ngài an nhiên thị tịch.
Ghi tạc công tích của Ngài trong sự nghiệp chống Pháp suốt chặng đường từ khởi nghĩa Đề Yên đến khởi nghĩa Đề Thám, Tăng-Ni Phật tử và dân chúng Hà đông đã xưng tụng Người là bậc Tăng trung hào kiệt.
T.S Khổng Đức Thiêm
Hà Nội, quý đông Đinh Dậu – 2017